NTFS selalu memilki kelebihan disbanding dengan system file FAT atau FAT32. Windows 2000, Windows XP dan keluarga system operasi Windows Server 2003 mengemas system file NTFS baru yang mendukung beberapa fitur termasuk Active Directory yang diperlukaan untuk domain, user account dan fitur keamanan lain. FAT dan FAT32 memilki kesamaan satu sama lain, terkecuali system file FAT32 didesain untuk penggunaan disk yang lebih besar. Tetapi system file yang dapat menangani disk dengan kaspaitas terbesar hanya NTFS.
Pilihan menggunakan system file tertentu tidak mengakibatkan efek pada saat akses file melalui jaringan. Sebagai contoh dengan menggunakan system file NTFS pada seluruh partisi server tidak mempengaruhi hubungan client dalam jaringan untuk mengakses folder atau file yang telah di-share pada server tersebut, meskipun komputer client menggunakan sistem operasi yang tidak mendukung sistem file NTFS atau NTFS baru, seperti Windows 98 atau Wondows NT.